La fondation fédère plusieurs « chapitres pays », des associations partenaires qui partagent les valeurs et objectifs de la Fondation France-Asie et travaillent ensemble à l’organisation des programmes « Young Leaders » et des activités qui ont lieu tout au long de l’année.

Il existe actuellement trois chapitres au sein de la Fondation France-Asie : la France China Foundation, la France India Foundation et la France Japan Foundation